El nombre de Milagro se origina en el año de 1784 cuando llegó a la parcialidad Los Chirijos un oidor de la real audiencia de Quito llamado Miguel de Salcedo, durante su estadía su esposa María enfermó de paludismo agudo, agravándose su estado debido a las continuas fiebres que soportaba. A fin de solicitar salud para la enferma se organizó una novena en honor de San Francisco de Asís, coincidiendo que en uno de estos días, también un indio Chirijo, vecino del español le entregó a Miguel de Salcedo un puñado de raíces, compuesto por quina y trozos de bejuco llamado Zaragoza y le dio un cocimiento de aquellas hierbas a la enferma, las que le devolvieron la salud luego de 10 días. El español con agradecimiento a San Francisco de Asís autor del milagro, pidió al Gobernador de Guayaquil, que se fundará una villa con el nombre de San Francisco de Milagro, quedando así con este nombre en la historia y geografía del país.
15 de diciembre de 1786
Según el arqueólogo Julio Viteri Gamboa, Milagro fue habitada desde hace años por numerosas poblaciones aborígenes perteneciente a la cultura cayapa-colorado, que ocupaban también las jurisdicciones de las que son hoy las Provincias de Los Ríos y Guayas. En la zona de Milagro, esta cultura estaba integrada por parcialidades aborígenes de Los Chirijos, Los Chobos, Los Chilintomos, Yaguachis y Boliches. Era el estero Chirijo formado por un brazo de Chimbo, río por donde llegaban los mercaderes desde Samborondón y Babahoyo. En este sitio nació Milagro que nada tiene de la cultura inca o maya.